由于不可能對河流所有的生物群落成分進行監(jiān)測取樣，變通的辦法是選擇幾種標志性物種。標志物種有幾種類型：

　�。�1）關鍵物種（keystonespecies）。指物種在生態(tài)系統(tǒng)中所居的地位不同，一些珍稀、體型較大的特有物種在維護生物多樣性和生態(tài)系統(tǒng)穩(wěn)定性方面起著重要作用，它們的消失或削弱可能要使整個生態(tài)系統(tǒng)發(fā)生根本的變化。

　　（2）保護物種（protectedspecies）。指由于稀缺性、文化或歷史的重要性，或者其棲息地受到威脅而受到法律保護的物種。

　�。�3）保護傘物種（umbrellaspecies）。保護這種物種及其棲息地可使大量也依賴于同樣棲息地的其他物種同樣受到保護。

　�。�4）旗艦物種（flagshipspecies）。指社會公眾普遍接受的標志性生物。它們往往以獨特的體型使之成為具有魅力的動物，對它的保護會使與之共生的物種受到保護。

　　具體標志性物種往往在藻類、大型無脊椎動物和魚類中選擇。

　　一般情況下，岸邊植物不適宜作為標志性物種，原因是不少植物對于水體污染并不敏感。