1.作為“三項制度”的核心制度，項目法人責任制卻落實不夠到位，部分法人建設不規(guī)范，甚至企業(yè)未組建項目法人，責任主體嚴重缺位，政府通過行政干預，卻僅僅重視工期而忽略工程質(zhì)量，且資金不能按時落實到位的現(xiàn)象也廣泛存在。

　　2.招投標管理缺乏應有的規(guī)范，違規(guī)操作現(xiàn)象嚴重，部分企業(yè)甚至委托那些沒有資質(zhì)的設計施工單位參與工程建設，部分企業(yè)中的工作人員受經(jīng)濟利益的誘惑，采取層層分包的形式賺取中間差價，違法分包和違法轉包的現(xiàn)象時有發(fā)生。在招投標管理中存在不少問題。監(jiān)理也往往流于形式，導致許多不合格的工程被驗收合格，嚴重影響著我國水利工程的發(fā)展。

　　3.完善監(jiān)管制度，嚴格審查工程質(zhì)量。由于稽查的范圍較小，影響力也較小，通常，稽查整改的到位率不足，監(jiān)督力度較小，甚至部分市的質(zhì)量監(jiān)督機構還未完全獨立，政府質(zhì)量監(jiān)督管理機構的職責范圍以及法律責任還不夠明確，缺乏相應的專業(yè)管理人員，質(zhì)量監(jiān)測工作還有許多不完善之處亟需改進。

　　4.質(zhì)量把關不嚴，層層分包現(xiàn)象普遍存在，驗收工作缺乏規(guī)范化管理。例如病險水庫除險加固工作由于驗收工作的效率低下，甚至已經(jīng)嚴重影響了整個施工工作的效率。由于層層分包，資金被層層剝削，工程資金流失現(xiàn)象嚴重，導致部分企業(yè)為了節(jié)省成本，采取偷工減料的方法建設水利工程，加上驗收工作流于形式，導致許多不合格的工程被驗收為合格并最終投入使用，最終會導致后期維修的隱性成本大大增加。

　　5.工程項目資金，作為一項綜合性、復雜性的工程，水利工程關系到國泰民安，雖然我國水利工程已經(jīng)很大的發(fā)展，但是資金落實不到位、資金缺口較大的缺陷還是客觀存在，使水利工程的發(fā)展受到了嚴重阻礙。