1、水利機構(gòu)管理體制不完善

　　農(nóng)民參與程度低：農(nóng)民參與小型水利工程的管理體制雖在某種程度調(diào)動了農(nóng)民參與水利工程管理的積極性，但由于管理體制的不健全，農(nóng)民參與不積極。農(nóng)民沒有把水利設(shè)施視為與自身利益相關(guān)的農(nóng)業(yè)生產(chǎn)設(shè)施而積極地參與到工程的維護管理，農(nóng)民不了解也很少參與小水利工程的有關(guān)管理決策，農(nóng)村水利組織的領(lǐng)導(dǎo)或成員大多數(shù)南組織安排或自愿參加，民主選舉的卻很少。

　　2、水利管理機構(gòu)運行資金不足

　　運營不合理：由于過去政府主部門一直只注重農(nóng)村水利工程固定資產(chǎn)投資量的增加，而忽視對已建農(nóng)村水利工程的管理，形成了對農(nóng)村水利設(shè)施只建不管、重建輕管的現(xiàn)象。在建設(shè)水利工程時，往往未將建后的管理機構(gòu)和管理費用落實，對農(nóng)村水利工程維護管理重視不足，資金投入較少，從而造成了一年建設(shè)三年壞的現(xiàn)象，影響工程效益的發(fā)揮。如以前建設(shè)的高穩(wěn)產(chǎn)農(nóng)田工程和近幾年建設(shè)的排水工程等，除了一些溝渠、泵房、水池、水窖和小塘壩之外，相應(yīng)配套的管道、閘閥、機電沒備等已經(jīng)大部分報廢。農(nóng)村小型水利工程管理機構(gòu)資金不足現(xiàn)象普遍存在，尤其是一些小型的水利設(shè)施，其收入來源比較單一，主要依靠灌溉水費收入，而支出項目較多，如水利工程維修費、折舊費、電費等，個別機構(gòu)存在支出大于收入的情況。農(nóng)村水利機構(gòu)入不敷出的資金運行狀況，必然會降低農(nóng)村水利機構(gòu)人員工作積極性，從而影響農(nóng)村水利管理機構(gòu)的良好運營。如小型灌區(qū)、提灌泵站或人飲泵站，能收取的費用最多只能維持管理人員的工資、電費等，維護及維修費用缺乏，設(shè)備、設(shè)施一出現(xiàn)問題，就閑置報廢。

　　3、水利工程管理效率不高

　　于水利工程管理職能不到位、運營方式單一、管理組織不健全等問題，使得農(nóng)村水利工程的管理效率不高，不能調(diào)動水利工作人員積極性，水利工程正常運行得不到保障。一些地方灌排渠道和農(nóng)村河道工程僅有很少部分落實了管理機構(gòu)，小型以下水庫沒有設(shè)管理機構(gòu)，由鄉(xiāng)鎮(zhèn)、街道專管員負(fù)責(zé)管理，渠道僅由村民自主季節(jié)性管理。一些地方部分小水庫、塘壩、自流、提水及小灌區(qū)，機電井和河道防洪工程處于無人管理狀態(tài)，這樣會造成管理機構(gòu)的職員對水利事業(yè)關(guān)心淡薄，從而影響水利機構(gòu)正常效益和職能的發(fā)揮。如～些有管理房的小水庫、塘壩和小灌區(qū)，由于多年沒有上調(diào)管理人員的工資，因待遇很低，管理人員為了生計忙于其它事，管理房每天就只有一把鎖和～條狗，這樣的現(xiàn)象很常見。

　　4、在重建輕管，缺乏維護的問題

　　缺乏維護的問題主要表現(xiàn)在：①領(lǐng)導(dǎo)思想上存在重工程建設(shè)、輕工程管理的傾向，認(rèn)為管理難度大。這是因為領(lǐng)導(dǎo)的政績要依靠項目和資金來體現(xiàn)，對于管理來說難以體現(xiàn)。②管理經(jīng)費無保障。在興建工程時，沒有很好地考慮工程建成運用后的運行維護經(jīng)費，管理設(shè)施簡陋，管理人員經(jīng)費不落實，形成工程建設(shè)越多，背的包袱越重的惡性運行機制。導(dǎo)致管理人員缺乏責(zé)任心，消極怠工，甚至脫崗轉(zhuǎn)行。⑧產(chǎn)權(quán)不明晰，主體不明確。小型水利工程多是靠國家撥一部分資金、物資，農(nóng)民義務(wù)投工投勞來完成，投資主體很不明確。主要反映在產(chǎn)權(quán)歸屬及管護主體之上。④宣傳教育缺乏深度，工作缺乏力度。水利設(shè)施被毀被盜現(xiàn)象嚴(yán)重，沒有形成全民愛護的意識。⑤管理部門力量薄弱，管理知識缺乏，業(yè)務(wù)水平偏低。因工程點多面，～，大部分交由村委會或自然村負(fù)責(zé)管理，管理人員多是當(dāng)?shù)剞r(nóng)戶，根本不具備相應(yīng)的知識和業(yè)務(wù)。