雖然矩陣式組織結構有許多優(yōu)點，但同樣也有一些不足，主要有：

（1）項目管理權力平衡困難。矩陣式組織結構中項目管理的權力需要在項目經理與職能部門之間平衡，這種平衡在實際工作中是不易實現的。

（2）信息回路比較復雜。在這種模式下，信息回路比較多，即要在項目團隊中進行，還要在相應的部門中進行，必要時在部門之間還要進行，所以易出現交流、溝通不夠的問題。

（3）項目成員處于多頭領導狀態(tài)。項目成員正常情況下至少要接受兩個方向的領導，即項目經理和所在部門的負責人，容易造成指令矛盾、行動無所適從的問題。