功能型組織結構強調工作部門的級別，主要是以專業(yè)職能約束下級層次的業(yè)務活動。在功能型組織結構中，一個工作部門可以在自己的專業(yè)職能的范圍內對下級的各個平面的工作部門都有指揮命令權，而不管其是否是直接下級還是間接下級；而作為下級，要接受不同的多個上級功能部門的領導。也就是說，A可以指揮命令B平面的直接下屬，也可對C平面的間接下屬發(fā)布指令。B平面的所有工作部門也可對C平面的工作部門進行指揮和命令。

功能型組織結構的命令源不是唯一的，導致下級工作部門要接受多頭領導。如果多維指令產生相互矛盾，下級通常執(zhí)行級別高的命令；相互矛盾的指令若級別相同，下級部門往往無所適從，容易造成管理混亂。出現(xiàn)問題以后，導致責任、后果不清，易產生推諉扯皮。這種組織結構很少單獨使用，只在極端情況下（如混戰(zhàn)的戰(zhàn)場）才被使用。